喀纳斯是我国现代冰川的主要分布区之一，储量丰富的冰川对区内水分起着重要的调节作用。喀纳斯河发源于友谊峰下的喀纳斯冰川，全长约125千米，从东北向西南流经全区，另外区内还发育有水资源丰富的禾木河，与喀纳斯河交汇形成布尔津河，最终汇入额尔齐斯河。