永宁卫城位于福建石狮市永宁镇永宁近海处，距离泉州东南37公里，地势雄峻，东滨大海，北界祥芝依五虎山为屏障，南临深沪湾连深沪、福全，西接龙湖。

当时，永宁已成人口密集、经济富庶的泉南重镇和著名海港。因泉州的晋江、惠安、同安一带倭寇活动极为猖獗，周德兴在明洪武二十年(1387年)视察永宁时认为：“此福地也，于是屯扎西隅，军不疾病，民皆殷富……因奏请建城”。同时，德兴“抽三之一为沿海戌兵防倭，移置卫所要害处”，永宁水寨为永宁卫。增设祥芝巡检司，并造司城。

永宁古称水澳。南宋乾道七年（1171年）四月间，近千个毗舍耶（今菲律宾群岛）人，从水澳等处登陆，恣行凶暴，残杀乡民。知州汪大猷遣兵围击，俘敌400余人，余者被击毙。乾道八年（1172年），毗舍耶人再犯晋江沿海，始置水澳寨，官称永宁寨，取“永保宁” 之意；驻扎水军60名，为防御。

南宋嘉定年间，真德秀知泉州整修，增驻水军50名，并于永宁石湖新造军房50所，额定兵员325人。元置巡检司于此。明洪武二十年（1387年）改为永宁卫。明成化年间(1465～1487年)，永宁卫知事陈用之创办卫学，礼聘兴化举人陈愈任教。永宁“文风稍进，学者德之”。万历十二年（1604年）：永宁人陈有纲武进士，殿试第三人，为狮历史上唯的一“武探花”。